Quel futur pour l’amélioration génétique chez les espèces animales domestiques ?

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 1
Académie d’agriculture de France
Groupe de travail sur les potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement
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Didier BOICHARD, Pascal CROISEAU, Sébastien FRITZ, Vincent DUCROCQ
INRA, UMR1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, 78350 Jouy en Josas
Manuscrit révisé le 24 mars 2014 - Publié le 16 avril 2014
Résumé : La sélection génomique est une méthode de sélection qui s’appuie sur une
évaluation du potentiel des candidats à partir de marqueurs moléculaires couvrant tout le
génome. Elle repose sur l’analyse d’une population de référence disposant à la fois de
phénotypes et de génotypes, permettant d’établir les équations de prédiction que l’on utilise
ensuite sur les candidats génotypés. La sélection génomique peut être précoce, peu coûteuse
si le génotypage est bon marché, efficace sur tous les caractères dès lors que la prédiction est
précise. Elle déconnecte l’obtention des phénotypes, utilisés pour l’établissement des
formules de prédiction, de la sélection des candidats. S’il existe une variabilité génétique,
elle offre donc des possibilités nouvelles de sélection sur des caractères classiquement
difficiles à sélectionner comme la santé des animaux. Depuis que les outils de génotypage sont
disponibles, la sélection génomique se développe très rapidement chez les bovins laitiers chez
lesquels elle constitue une innovation de rupture qui a mis fin au testage sur descendance.
Elle s’étendra à l’avenir, sans doute dans toutes les espèces mais à des degrés divers en
fonction de son intérêt économique. L’intérêt est d’autant plus important que l’intervalle de
génération est long, la valeur d’un reproducteur élevée et le phénotypage difficile ou
coûteux. Les principaux enjeux dans le futur sont les suivants : réduire les coûts pour
favoriser le développement à grande échelle ; élargir le panel de caractères sélectionnés,
particulièrement les caractères de santé, pour une production durable ; développer des
méthodes présentant une bonne robustesse de prédiction au manque d’apparentement entre
population de référence et candidats à la sélection ; à terme prendre en compte les
interactions entre gènes et les interactions génotype x milieu. Des applications naîtront au-
delà de la sélection au sens strict, par exemple dans la gestion du plan d’accouplement ou la
minimisation de la perte de variabilité. D’un point de vue organisationnel, une plus grande
intégration est attendue entre sélection et production des phénotypes. Compétition et
différenciation se développeront entre acteurs mais aussi naîtront des collaborations
nouvelles pour gagner en efficacité.
Mots clefs : sélection génomique, marqueurs génétiques, objectif de sélection.