L’édition du génome au service de la transition agroécologique : enjeux, potentialités et limites.
La transition agroécologique vise à transformer en profondeur les systèmes agricoles afin de les rendre plus durables, plus diversifiés et plus respectueux de l’environnement, notamment par la réduction des intrants chimiques, la valorisation des interactions biologiques entre plantes et micro-organismes, et l’élargissement de la diversité des variétés cultivées, les semences et le choix des génotypes constituant des leviers centraux de cette transformation. Dans ce contexte, l’édition du génome s’impose comme une technologie clé de l’amélioration des plantes, en permettant des modifications ciblées et précises du génome végétal, principalement grâce au système CRISPR-Cas, développé depuis 2012 et récompensé par le prix Nobel de chimie 2020 attribué à Emmanuelle Charpentier et Jennifer Doudna. Contrairement aux OGM classiques, les outils moléculaires utilisés pour l’édition ne sont pas intégrés durablement dans le génome final des plantes éditées et les variétés NGT1 sont donc bien des OGM mais sont non transgéniques. Des approches récentes comme le base editing et le prime editing renforcent encore la précision sans nécessiter de coupure complète de l’ADN. L’édition du génome est perçue comme plus rapide, plus précise et moins coûteuse que les méthodes conventionnelles telles que les croisements ou la mutagenèse aléatoire, tout en facilitant l’analyse fonctionnelle des gènes et en accélérant la sélection variétale, comme l’illustre par exemple, l’obtention de blé résistant à l’oïdium par modification ciblée du gène MLO. Malgré ce potentiel important pour développer des plantes plus résilientes aux stress abiotiques, plus résistantes aux maladies et mieux adaptées aux systèmes diversifiés, plusieurs limites demeurent : une connaissance encore insuffisante des bases génétiques de nombreux caractères agroécologiques complexes, les difficultés techniques de régénération des plantes éditées dans certaines espèces clés, et le caractère souvent polygénique des traits d’intérêt. À ces contraintes scientifiques s’ajoutent des enjeux socio-économiques et réglementaires majeurs, tels qu’une perception publique négative héritée des controverses sur les OGM et des questions de propriété intellectuelle compliquant l’accès aux technologies.
Pour surmonter ces obstacles, l’édition du génome doit être appliquée dans des cas clairement identifiés où elle apporte une valeur ajoutée, comme l’amélioration des interactions plantes-microorganismes pour optimiser la nutrition des cultures ou l’accélération de la domestication de nouvelles plantes afin d’accroître la diversité agricole. Enfin, la transition vers des systèmes agroalimentaires durables ne peut reposer uniquement sur l’édition du génome, mais nécessite une combinaison de leviers génétiques, agronomiques et sociaux.
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